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胃腸外科前身是普外科，是一個古老而又成熟的學科，于2009年依應學科發展的需要，將普外科胃腸專業獨立為胃腸外科；胃腸外科技術隊伍結構合理、梯隊層次分明，技術人員老、中、青結合緊密，技術傳承與人才培養得到有效落實。現有床位41張，共有醫護人員38人，醫生18人，其中正高級職稱3人，副高級職稱3人，中級職稱9人，初級職稱3人，博士生1人，碩士生10人，本科生7人，護士20人，副高級職稱1人，中級職稱8人，初級職稱11人，本科學歷15人，專科學歷5人。
胃腸外科著眼于解決菏澤市及周邊區域急、危、重、疑難雜癥能力、提高本專科關鍵技術、臨床應用和創新能力的建設，引領我市胃腸外科技術的發展。在技術水平、醫療質量、人才隊伍、醫療設備、專科管理等方面走在全市前列，在胃腸外科臨床診治技術方面位居省、國內先進水平。廣泛開展了傳統手術和適合使用腹腔鏡操作的腹部外科手術，常規開展胰十二指腸切除、D2、D3式胃癌根治、胃癌聯合臟器切除、結腸癌根治性切除、直腸癌根治性切除、直腸癌聯合后盆腔臟器切除、全結腸切除J型袋肛管吻合術、腹壁疝手術、復雜肛瘺手術、減肥手術及腸內營養治療等。胃腸外科同仁緊跟現代外科向“精準”、“微創”，規范化、個體化治療的趨勢和發展方向，積極應用現代新技術，使胃腸外科成為技術力量雄厚，管理規范的模范科室，微創技術更是科室特色，腹腔鏡胃癌根治、腹腔鏡結腸癌根治、腹腔鏡直腸癌根治手術、腹腔鏡減肥手術、腹腔鏡疝修補已成我科常規術式。特別是近幾年開展的完全腹腔鏡胃癌根治術以及經肛門自然腔道標本取出的完全腹腔鏡結直腸癌根治術，已成為菏澤市的特色專科。
胃腸外科，現多人次擔任山東省胃腸醫師協會副主委、山東省醫師協會常委、山東省醫學會普外科分會肛腸組委員、山東省普外醫師協會常委、山東省普外醫師協會委員、山東省醫師協會青年醫師委員會委員、山東醫師協會疝與腹壁外科協會委員、山東省抗癌協會胃腸外科腫瘤分會委員、山東省腔鏡醫師協會委員、山東省微創外科學會委員、菏澤市普外科學會主委、副主委、委員等。
胃腸外科，施行科室主任負責下的積極向上的科室文化建設，形成一種仁心仁術、團結向上的醫學人文品格。實行優質化護理，改善服務質量，提高服務能力，病人滿意度較高，滿意率90%以上。鼓勵專科提高自身技術水平，加強科室之間及科內部各亞專業之間的交流和合作，住院醫師培訓、輪轉，為外科醫師打下堅實的外科基礎，更好的為病員做好服務。
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