目前我院有山東省醫藥衛生重點學科1個，為血液內科，市級醫學重點學科22個，分別為內分泌代謝病科、呼吸與危重癥醫學科、重癥醫學科、泌尿外科、兒科、神經外科、護理學、骨科、血液內科、消化內科、神經內科、心內科、普外科、產科、泌尿內科、婦科、麻醉學、臨床檢驗診斷學、康復醫學與理療學、耳鼻咽喉科學、口腔醫學、胸外科學。
菏澤市衛健委自2020年12月11日起啟動了菏澤市重點學科申報工作，我院接到通知后，院領導高度重視，于2020年12月18日成立了菏澤市立醫院重點學科建設工作領導小組，召開了重點學科評審申報會議，對《菏澤市醫學重點學科評審標準》進行了詳細解讀。為進一步加強重點學科建設，我院制定了《菏澤市立醫院重點學科管理制度》《臨床重點專科、重點學科建設實施方案》《菏澤市立醫院重點學科建設目標責任制管理辦法》等文件。
我院為了加強重點學科建設，重視科研、教學及人才培養，于2021年1月29日成立了科研創新團隊，制定了科研創新團隊建設方案，多次召開會議進行討論，并對科研創新團隊成員多次進行科研知識培訓，近五年國家級科研立項5項，省級立項27項，獲菏澤市科技進步獎59項，繼續醫學教育項目共審批通過188項，其中國家級7項、省級72項、市級109項。
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